Au 16e siècle, le royaume de France se lance dans des expéditions afin d’explorer le continent américain. En 1534, Jacques Cartier, navigateur originaire de Saint-Malo en France, reçoit la mission d’explorer le Nouveau Monde afin d’y trouver des richesses. C’est un total de trois voyages que Cartier effectue alors au Canada entre 1534 et 1542.

Cartier traverse l’Atlantique, navigue au-delà des côtes de Terre-Neuve et du Labrador, alors fréquentées par des pêcheurs européens, des Mi’gmaq, des Béothuks et des Innus, pour atteindre par la suite Gaspé. Fin juillet 1534, il y plante une croix afin de revendiquer ce territoire, déjà occupé par de nombreuses communautés autochtones, au nom du roi de France. Cela incommode notamment Donnacona, membre de la Nation des Iroquoiens du Saint-Laurent et chef de Stadaconé, un village de la région de Québec, qui était de passage à Gaspé. Cartier affirme qu’il s’agit simplement d’un repère de navigation.

Lors de son deuxième voyage, Cartier prend en otage de nombreux résidents de Stadaconé afin de les ramener en France. Il espère ainsi qu’ils pourront servir de guides ou d’interprètes. Parmi eux, on retrouve Donnacona qui, comme bien d’autres, meurt en France quelque temps après son arrivée.

Toutes les Premières Nations ont été durement touchées par les maladies amenées d'Europe, comme la variole, le typhus, la rougeole et la grippe. Les Autochtones n’avaient pas les anticorps nécessaires pour se protéger, ils étaient donc plus vulnérables. Sur l’ensemble du continent américain, ce choc microbien va entrainer des épidémies dévastatrices pour tous les peuples autochtones. On estime qu’en l’espace de cent ans, ce choc microbien a décimé près de 90% de la population autochtone.

Les contacts fréquents des colons et des missionnaires français avec les Hurons-Wendat rendent ces derniers particulièrement vulnérables aux maladies provenant d’Europe. Dans les années 1630 et 1640, des épidémies vont causer une chute brutale de la population huronne-wendat. Cette chute de la population de la Huronie, combinée aux affrontements avec les Iroquois entre 1648 et 1650, force les Hurons-Wendat à abandonner leurs villages et à se déplacer vers l’est dans la région de Québec, ce qui accélère leur conversion au catholicisme.

Dans le nord-est de l’Amérique, le 17e siècle est notamment marqué par les guerres franco-iroquoises. Ce sont une série de conflits qui opposent les Français et leurs alliés autochtones à des nations iroquoises. Si vers la fin du siècle, les Français, les Iroquois (Haudenosaunee) et d’autres nations autochtones souhaitent mettre fin au conflit, leurs intérêts respectifs sont difficilement conciliables. À cela, il faut ajouter les nombreuses épidémies qui ont affaibli plusieurs nations depuis l’arrivée des Européens. Ainsi, pendant quatre ans, Kondiaronk, chef huron-pétun et ancien guerrier, et des ennemis d'autrefois, s'entendent sur un projet de paix durable.

En août 1701, plus d’un millier de délégués provenant de 39 nations autochtones se rencontrent à Montréal afin d’achever les négociations et d’officialiser la paix. C’est ainsi qu’est signée la Grande Paix de Montréal. Il s’agit d’un des derniers exercices de diplomatie traditionnelle d’une telle ampleur chez les Premières Nations. Pour les Français, ce traité ouvre la voie à une expansion territoriale vers l’Ouest et permet l’accès à un plus grand territoire de fourrures et autres ressources. Par conséquent, la Grande Paix de Montréal accélère l’agrandissement du territoire revendiqué de la Nouvelle-France pour les 50 années qui suivent.

C’est à partir des années 1830 que les tout premiers pensionnats ont vu le jour sur le territoire canadien. Au cours de la deuxième moitié du 19e siècle, après la formation de la fédération canadienne, le gouvernement accélère la création de ces établissements en s'appuyant sur les différentes Églises chrétiennes du pays (catholiques et protestantes).

Administrées par des communautés religieuses, ces écoles ont pour objectif d’assimiler, d’évangéliser et d’éduquer les enfants autochtones. En vigueur jusqu’à la fin du 20e siècle, le régime des pensionnats du Canada sépare environ 150 000 enfants autochtones de leur famille, les privant notamment de leur culture et de leur langue maternelle. Les sévices que subissent ces milliers d’enfants sont nombreux : maltraitances physiques et psychologiques, abus sexuels, perte de repères identitaires, etc. À long terme, d’importants traumatismes intergénérationnels ont affecté et continuent d’affecter les peuples autochtones.

Par exemple, des enfants wolastoqiyik (malécites) et mi’gmaq du Québec et des Maritimes se voient obligés de fréquenter le pensionnat indien Shubenacadie (1930 à 1967) où ils sont victimes de mauvais traitement de toutes sortes. Le dernier pensionnat fermera ses portes en 1997.

Avant 1776, les Anglais avaient conclu que la vallée du Saint-Laurent resterait francophone, car les colons de langue anglaise préféraient s'établir dans les Treize colonies. La Révolution américaine change complètement la situation. À la recherche de terres où s’établir, beaucoup de personnes demeurées loyales à la couronne britannique s’établissent ainsi au Bas-Canada, notamment dans la région de l’Outaouais, où vivent des Anishinabeg, et dans les Cantons de l’Est qu’occupent les Abénakis.

Tant pour les Anishinabegs que les Abénakis, l’établissement massif de loyalistes et la création de cantons à partir de 1783 ont comme conséquence la perte d’accès aux différentes ressources qui permettaient leur subsistance (gibiers, poissons, plantes comestibles et médicinales, etc.). Progressivement au 19e siècle, les autorités coloniales mettent en place la sédentarisation progressive des Premières Nations par la création de réserves.

Le 30 avril 1971, le premier ministre Robert Bourassa annonçait le projet de la Baie-James, dans le nord du Québec en territoire eeyou (cri) et inuit. Il s’agit d’un grand projet, piloté par Hydro-Québec, qui prévoyait la construction de complexes hydroélectriques dans le but d’alimenter un Québec de plus en plus énergivore. Le gouvernement du Québec débute le projet sans considérer les droits des nations autochtones vivant sur le territoire. La conséquence directe est l’inondation d’immenses territoires, l’équivalent de près de deux fois le lac Saint-Jean, où les populations autochtones pratiquent depuis des milliers d’années des activités traditionnelles liées à leur mode de vie comme la chasse, la trappe et la pêche. Malgré la contestation judiciaire, le gouvernement poursuit les travaux. C’est en 1975 que les gouvernements du Québec et du Canada ainsi qu’Hydro-Québec d’une part, et les Eeyous et les Inuit d’autre part, arrivent à s’entendre sur leurs différends en signant la Convention de la Baie-James et du Nord québécois (CBJNQ). À travers cette convention, les Eeyous et les Inuit cèdent de leurs droits territoriaux et ancestraux en échange de compensations.

Quelques années plus tard, en 1978, une nouvelle entente est signée. La Convention du Nord-Est québécois (CNEQ) inclut cette fois-ci la communauté naskapie de Kawawachikamach (près de Schefferville). Cette nation a subi elle aussi des pertes d’accès à des territoires à la suite de la construction d’ouvrages hydroélectriques dans les années 1970. Tout comme la CBJNQ, cette entente implique une cession de droits territoriaux au profit du gouvernement du Québec, en échange de compensations

La pêche au saumon a toujours fait partie du mode de vie des Mi’gmaq. Il s’agit pour eux d’une tradition ancestrale. Mise à mal par la privatisation des forêts et rivières au profit de clubs privés pour touristes aisés à partir du 19e siècle, la pratique survit tout de même. Mais vers 1980, les populations de saumons sont en déclin et le gouvernement du Québec décide de limiter les activités de pêche des Mi’gmaq, même si celles-ci ne représentent qu’une petite portion de ce qui est pêché au pays. Les pêcheurs mi’gmaq accusent alors le gouvernement d’empêcher une pratique ancestrale au profit d’une pêche touristique et commerciale.

Le 11 juin 1981, le gouvernement répond par l’envoi de 500 policiers et agents de la faune qui prennent d’assaut la communauté Listuguj afin de saisir les filets et arrêter les pêcheurs mi’gmaq. Plusieurs nations autochtones se mobilisent à travers le pays pour dénoncer la situation. Ce n’est qu’à la suite d’actions politiques et judiciaires que les Mi’gmaq réussissent enfin à obtenir des garanties quant à leurs droits ancestraux. Ces droits sont d’ailleurs inscrits dans la Constitution canadienne depuis 1982.

À l’époque de la Nouvelle-France, au 18e siècle, des membres de la Nation mohawk sont déplacés et installés sur la seigneurie du Lac-des-Deux-Montagnes, propriété des Sulpiciens. Du 18e siècle à aujourd’hui, les Mohawks de Kanesatake exercent des pressions constantes sur la couronne britannique et les gouvernements afin de freiner l’empiètement progressif de leur territoire. En 1990, la municipalité d’Oka approuve la construction de condominiums et l’agrandissement d’un terrain de golf, un projet qui empiète de nouveau sur les terres revendiquées historiquement par les Mohawks et où se trouve le cimetière de la communauté où reposent les ancêtres.

Appuyés par la « Mohawk Warrior Society » et par les gens de la communauté mohawk de Kahnawake située sur la rive sud de Montréal, les résistants de Kanesatake érigent une barricade à l’entrée d’un parc municipal afin de démontrer leur opposition au projet. En voulant démanteler cette barricade, un affrontement armé survient le 11 juillet entre les Mohawks et la Sureté du Québec. Avec des barricades tant du côté des forces de l’ordre que des Mohawks sur la route 344, la situation sera figée tout au long de l’été 1990. Les nombreuses négociations pour débloquer la situation sont vouées à l’échec et ce n’est qu’en septembre 1990 que la crise d’Oka prend fin avec le démantèlement des barricades par l’armée canadienne, l’arrestation de résistants et l’achat des terres à l’origine du conflit par le gouvernement fédéral. Trente ans après la crise d’Oka, les Mohawks de Kanesatake attendent toujours le transfert officiel de ces terres et la satisfaction de leurs revendications territoriales.

Les chiens de traineau sont profondément associés au mode de vie traditionnel des Inuit vivant au Nunavik. Les chiens sont essentiels à la survie des communautés inuites : déplacement sur le territoire, détection de l’épaisseur de la glace sur les plans d’eau, orientation lors des tempêtes et prévention d’autres dangers.

À la fin des années 1950, dans le but d’accélérer la sédentarisation des Inuit et en prétextant des cas de rage, des policiers reçoivent la directive de contrôler les populations de chiens dans plusieurs communautés du Nunavik. Pour ce faire, ils abattent tout chien qu’ils considèrent comme « errant », selon des critères propres au gouvernement. Les autorités ne tiennent pas compte de l’utilité de ces animaux pour les Inuit. Résultat, des milliers de chiens sont tués, et ce, malgré les protestations des communautés inuites. C’est tout un pan de leurs traditions et de leur mode de vie qui disparait progressivement avec l'abattage des chiens. Cet évènement a profondément bouleversé la culture des Inuit et a accentué un sentiment de méfiance face aux gouvernements.

Au Bas-Canada, le 19e siècle marque l’essor du commerce du bois. En effet, privée du bois européen par le blocus de Napoléon, la Grande-Bretagne se tourne vers ses colonies en Amérique du Nord. Les régions de la Mauricie, de l’Outaouais et du Saguenay-Lac-Saint-Jean regorgent de forêts propices à l’exploitation forestière. L’industrie forestière permet aux agriculteurs canadiens d’avoir un revenu supplémentaire pendant les longs mois d’hiver. Cependant, pour les communautés autochtones des régions concernées, le commerce du bois bouleverse leur mode de vie. Les coupes forestières ont lieu dans des régions riches en ressources comme le gibier et les plantes médicinales. Le caribou forestier, une source de nourriture traditionnelle pour des nations autochtones, subit la pression de la présence des colons ainsi que des bucherons et disparait de ces régions.

La colonisation accélérée de ces nouveaux territoires place des populations autochtones en position minoritaire. C’est le cas pour les Atikamekw de la Haute-Mauricie dès la deuxième moitié du 19e siècle. Ce phénomène contribue alors à marginaliser les populations atikamekw sur leur propre territoire, le Nitaskinan ( « Notre terre » en langue atikamekw).

Vers la fin du 19e siècle, les gouvernements fédéral et provinciaux du Canada décident de mettre en valeur le patrimoine naturel du pays. Pour ce faire, les gouvernements créent des réseaux de parcs et réserves fauniques. Ces derniers visent la préservation de milieu naturel, mais ont aussi comme but une commercialisation de certains secteurs à des fins touristiques (camping, chasse, pêche, canot, marche en forêt, etc.) Différentes pourvoiries, réservées à de riches touristes américains et canadiens, y sont ainsi créées, bien souvent au détriment des communautés autochtones qui vivent de ces territoires depuis des millénaires.

Par exemple, c’est en 1895 qu’est créé le Parc des Laurentides (aujourd’hui Réserve faunique des Laurentides), dans la vaste région montagneuse au nord de Québec. C’est dans cette région que seront fondés de prestigieux clubs de chasse et pêche accessibles aux plus fortunés. Pour les communautés innues et huronnes-wendat de la région, les clubs privés et la création d’un parc naturel sont synonymes d'expulsion et d’interdiction au territoire. Ces territoires étaient pourtant occupés bien avant l’arrivée des Européens en Amérique. Ce n’est qu'après de longues luttes légales et politiques tout au long du 20e siècle que des nations obtiennent à nouveau un accès à ces territoires.